ESTUDO DO DOCKING MOLECULAR DA PROTEÍNA LIGADORA DE ODOR DO BICHO-DA-SEDA
Palabras clave:
PROTEÍNA, LIGAÇÃO DE ODOR E DOCKING MOLECULAR.Resumen
Em muitas espécies de insetos, acredita-se que as proteínas ligadoras de odores (OBPs) sejam responsáveis pelo transporte de feromônios e outros semioquímicos através da linfa sensitiva até os receptores olfativos (ORs) dentro das sensilas antenais. O presente trabalho teve como objetivo a utilização da técnica de Docking Molecular para a obtenção de energias livres de ligação entre o ligante natural e ligantes similares da proteína do BMori GOBP (Proteínas Ligadoras de Odores Gerais) ), 2WC5 (código PDB) obtida no Protein Data Bank. Os resíduos da proteína, como moléculas de água, magnésio e o ligante hexadeca-10,12-dien-1-ol, foram removidos pelo software Chimera 1.10.2. À proteína ligadora de odores gerais foram adicionados hidrogênios polares e foi construído o espaço de pesquisa baseado no ligante da proteína, no qual as coordenadas do sítio de ligação foram determinadas utilizando o software AutoDock Tools. Também por meio do software AutoDock Tools foi convertido o formato do arquivo PDB para PDBQT. Com os softwares AutoDock Vina 1.1.2 e ArgusLab 4.0.1 foram realizadas simulações de re-docking, docking e cross-docking molecular do ligante hexadeca-10,12-dien-1-ol na proteína para obter o ranking das poses do ligante e a energia de afinidade de ligação. Para a realização do docking e cross-docking, a escolha dos ligantes foi feita através da semelhança da fórmula molecular estrutural no banco de dados The Pherobase. Portanto, foi possível demonstrar que, para os ligantes propostos, as energias de ligação proteína-ligante mais estáveis obtidas nos dockings, foram de ligantes que tinham estruturas cíclicas, entretanto a energia desses ligantes foram mais baixas do que o ligante original.
Descargas
Publicado
Cómo citar
Número
Sección
Licencia
Termo de cessão de direitos autorias
Esta é uma revista de acesso livre, em que, utiliza o termo de cessão seguindo a lei nº 9.610/1998, que altera, atualiza e consolida a legislação sobre direitos autorais no Brasil.
O(s) autor(es) doravante designado(s) CEDENTE, por meio desta, publica a OBRA no Caderno Verde de Agroecologia e Desenvolvimento Sustentável, representada pelo Grupo Verde de Agroecologia e Abelhas (GVAA), estabelecida na Rua Vicente Alves da Silva, 101, Bairro Petrópolis, Cidade de Pombal, Paraíba, Brasil. Caixa Postal 54 CEP 58840-000 doravante designada CESSIONÁRIA, nas condições descritas a seguir:
O CEDENTE declara que é (são) autor(es) e titular(es) da propriedade dos direitos autorais da OBRA submetida.
O CEDENTE declara que a OBRA não infringe direitos autorais e/ou outros direitos de propriedade de terceiros, que a divulgação de imagens (caso as mesmas existam) foi autorizada e que assume integral responsabilidade moral e/ou patrimonial, pelo seu conteúdo, perante terceiros.
O CEDENTE mantêm os direitos autorais e concedem à revista o direito de divulgação da OBRA, com o trabalho simultaneamente licenciado sob a Licença Creative Commons do tipo atribuição CC-BY.
O CEDENTE têm autorização para distribuição não-exclusiva da versão do trabalho publicada nesta revista.
O CEDENTE têm permissão e são estimulados a publicar e distribuir seu trabalho online (ex.: em repositórios institucionais ou na sua página pessoal) a qualquer ponto antes ou durante o processo editorial, já que isso pode gerar alterações produtivas, bem como aumentar o impacto e a citação do trabalho publicado.
